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HowTo use colortables / lookup tables / colormaps

Monday, March 29th, 2010

Mit dem clColorTable, dass ich gestern veröffentlicht habe kann man eigene Farbtabellen erstellen und speichern. Der Vorteil dabei ist, man erzeugt eine Farbtabelle und kann diese dann bei unterschiedlichen Anwendungen wie z.B. Knime, ImageJ, Matlab, R etc. verwenden. Ich beschreibe kurz wie es funktioniert.

Knime:
Einfach einen neuen Knoten “File Reader” hinzufügen, den Configure Dialog öffnen, Farbtabelle suchen und anschließend mit “Execute” laden.

ImageJ:
.csv in .lut umbenennen und diese Datei in den Ordner ImageJ/luts kopieren. ImageJ neustarten.

Matlab:

A = dlmread('test.csv','\t',1,1)% liest die Farbtabelle ein
A_norm = A./ max(A(:)); % macht ein Normalisierung zwischen 0 und 1
colormap(A_norm); % verwendet nun die neue Farbtabelle

R:

colmap = read.csv( file="test.csv", head=TRUE, sep="\t" )
colmap = colmap[1:nrow(colmap), 2:ncol(colmap)]
colmap = rgb( colmap[1:nrow(colmap), ], maxColorValue=255 )
image( t(volvano)[ncol(volcano):1, ], col=colmap )